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Une première petite chapelle existait à l’emplacement actuel dès le IIIème siècle. Elle a été agrandie au XIVème siècle dans le style gothique.

Elle a été reprise dans sa forme néogothique dans la première moitié du XIXème siècle.

Les aménagements intérieurs datent de 1875 à 1910. Des travaux permanents sont nécessaires pour la garder en état de service et mettre en valeur les trésors et les objets qu’elle renferme.L’église Saint-Jean-Baptiste de Libourne est un édifice gothique qui abrite plusieurs œuvres d’importance, offertes à la ville par le ministre Élie Decazes au XIXe siècle.

L’église actuelle prend place sur le site d’un ancien sanctuaire connu sous le nom de Saint Jehan de Fozera. Il s’agit alors d’un petit édifice dépendant du monastère de Saint-Emilion et comprenant une seule nef de 20 mètres sur 7. Elle est agrandie au fil du temps et elle se dote de deux doubles bas-côtés au XVe siècle. C’est à la même période que l’église est dédiée à Saint Jean-Baptiste. Au XIXe siècle, elle fait l’objet d’une nouvelle campagne de travaux pendant laquelle on lui adjoint notamment une chapelle de la Vierge et son clocher dont les travaux sont achevés en 1859.

Mais ce sont surtout les dons faits à l’église par le duc Decazes qui la rendent remarquable. En effet, ancien avocat à Libourne, Decazes n’a pas oublié la ville de sa jeunesse. Une fois devenu ministre, il lui fait envoyer des œuvres d’art dont certaines semblent venir du Louvre. Parmi les tableaux offerts par Decazes, on compte L’œuvre de l’Italien Bartolomeo Manfredi « Jésus chassant les marchands du temple » (1605 – 1609) (reconnue internationalement), Madeleine aux pieds du Christ de Jérôme Prud’homme et Mme de Chantal et saint François de Sales peint par Joseph Suvée en 1807.

Certains de ces tableaux offerts par Decazes ont été transférés au Musée des Beaux-Arts de Libourne, notamment Le Christ chassant les vendeurs du temple de Manfredi.

L’église Saint Jean-Baptiste conserve également d’éminentes reliques, comme une Sainte Épine de la couronne du Christ, conservée dans un coffre-fort aux côtés d’une relique de la Sainte Croix.